Para garantir a qualidade da produção científica no desenvolvimento das pesquisas realizadas pelos profissionais do IPUSP, o Instituto conta com amparo de três órgãos independentes de caráter consultivo, educativo e deliberativo. São eles: a Comissão de Pesquisa, o Comitê de Ética em Pesquisa com Humanos e a Comissão de Ética no Uso de Animais.

A Comissão de Pesquisa é o órgão responsável pelo suporte operacional para projetos e atividades de pesquisa do IPUSP, através dos programas de pré-iniciação científica, iniciação científica e pós-doutorado.  Está sob coordenação da Pró-Reitoria de Pesquisa.

Já o Comitê de Ética em Pesquisa com Seres Humanos tem por objetivo defender os interesses, a integridade e a dignidade dos participantes das pesquisas realizadas, a fim de garantir um desenvolvimento que siga padrões éticos. Toda pesquisa em Psicologia com seres humanos deverá estar instruída de um protocolo, a ser submetido à apreciação de Comitê de Ética em Pesquisa, reconhecido pelo Conselho Nacional de Saúde, como determina a resolução ms 196/96 do CNS.

O Comitê de Ética em Pesquisa com Seres Humanos do Instituto de Psicologia da Universidade de São Paulo (CEPH-IPUSP) está credenciado junto à Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (CONEP) está diretamente ligada ao Conselho Nacional de Saúde (CNS). E, o Comitê de Ética em Pesquisa com Animais procura garantir que os profissionais envolvidos no manejo de animais de experimentação tenham sempre consciência de que os animais são seres sencientes  e devem ser manejados com respeito e de forma adequada à espécie, tendo suas necessidades de transporte, alojamento, condições ambientais, nutrição e cuidados veterinários atendidas.

O comitê segue os princípios éticos em experimentação animal elaborados pelo Colégio Brasileiro de Experimentação Animal (Cobea).