El Departamento de Psicología Clínica tiene su origen con el trabajo del Profesor Dr. Durval Marcondes que en 1938 organizó el primer servicio de atención psicológica del niño en América del Sur en la Sección de Higiene Mental de la Dirección de Salud del Escolar de la Secretaría de Educación. Ese servicio funcionaba como una clínica de orientación infantil. El servicio estaba en la Avenida Ipiranga, donde hoy se encuentra el Hotel Hilton. En esa clínica estaba el servicio de visitadoras psiquiátricas que era dirigido por Virginia Bicudo formada en Ciencias Sociales.

En los años 1950 el trabajo desarrollado por Durval Marcondes se afirmó en el campo sociocultural. En el servicio de Higiene mental hubo presión para que los técnicos del servicio cursaran Filosofía. Virginia Bicudo orientaba sus auxiliares para que cursaran Filosofía, porque creía que la formación en Ciencias Humanas preparaba mejor a las personas para tratar la mente humana. Durval Marcondes fue invitado por Annita Cabral, profesora del curso de Filosofía, para que con Aníbal Silveira y Cícero Christiano organizasen el curso de Especialización en Psicología Clínica de la Cátedra de Psicología de la FFCL en la Universidad de San Pablo, lo que ocurrió en 1958. En ese año fue contratado el Dr. Durval Marcondes para dirigir el sector de clínica, que se convirtió en asignatura autónoma, aunque fuese dependiente en las cuestiones de fondos de la Cátedra de Psicología Social y Experimental.

Annita Cabral, Durval Marcondes, Virginia Bicudo, Lygia Alcântara do Amaral y Aníbal da Silveira poco a poco fueron diseñando el curso de Psicología. Inicialmente el curso se organizó con clases teóricas y una parte práctica. Ya en aquella época había interés en que hubiese un trabajo terapéutico con los alumnos.

El curso de Psicología fue creado por la Ley Estatal N° 3862 del 28/05/1957 con nivel de bachillerato y licenciatura. La regulación de la profesión de psicólogo ocurrió el 27 de agosto de 1962.

Con la iniciativa del Dr. Durval Marcondes se estableció la Clínica Psicológica del Curso de Psicología que en el comienzo se dictaba en la calle Jaguaribe. En esa clínica trabajaban Durval Marcondes, Judith Andreucci, Virginia Bicudo, Aníbal Silveira, Laerte Moura Frrão, Lydia Luciana Rocha y Lygia Alcântara, donde se originó el Departamento de Psicología Clínica el 19 de agosto de 1968 siendo luego integrado al Departamento Único de Psicología. En 1970 surge el Departamento de Psicología Clínica.