O Departamento de Psicologia Clínica tem sua origem com o trabalho do Prof. Dr. Durval Marcondes, que organizou em 1938, o primeiro serviço de atendimento psicológico de criança na América do Sul, na Seção de Higiene Mental da Diretoria de Saúde do Escolar da Secretaria da Educação. Esse serviço funcionava como uma clínica de orientação infantil, localizada na Avenida Ipiranga, onde hoje se situa o Hotel Hilton. Nos anos 50, o trabalho desenvolvido por Durval Marcondes firmou-se como Serviço de Higiene Mental. Virginia Bicudo, com sua experiência no junto ao serviço de visitadoras psiquiátricas chefiava a clínica.

Em 1958, Durval Marcondes foi convidado por Annita Cabral, professora do Curso de Filosofia para que se organizasse com Aníbal Silveira e Cícero Christiano o Curso de Especialização em Psicologia Clínica da Cadeira de Psicologia da Faculdade de Filosofia Letras e Ciências HUmanas da USP. Durval Marcondes passa a dirigir o setor de Clínica, que se tornou disciplina autônoma, ainda que ligada, quanto ao custeio, da cadeira de Psicologia Social e Experimental. Annita Cabral, ao lado de Durval Marcondes, Virginia Bicudo, Lygia Alcantar do Amaral, Aníbal da Silveira, delinearam conceito fundador do Curso de Psicologia.

Organizado desde seu início de forma a envolver aulas teóricas e práticas, ele se distinguiu pelo fato de facultar aos alunos a experiência na trabalho psicoterapêutico. Quando o curso de psicologia foi criado pela lei Estadual n. 3862 de 28/05/1957 com nível de Bacharelado e Licenciatura e quando da regulamentação da profissão de Psicólogo em 27/08/1962, já havia um trabalho consolidado de formação clínica e teórica promovido pela clínica conduzida por Durval Marcondes.

Localizada, inicialmente, na Rua Jaguaribe, trabalhavam na nessa clínica, além de Durval Marcondes, Judith Andreucci, Virginia Bicudo, Aníbal Silveira, Laerte Moura Ferrão, Lydia Luciana Rocha, Lygia Alcântara. Em 19 de agosto de 1968, este grupo, ligado à Sociedade Brasileira de Psicanálise, originou o Departamento de Psicologia Clínica do Instituto de Psicologia da USP (1970).