Los programas de Máster y Doctorado siguen el Reglamento de Postgrado de la USP y las Normas Específicas para Cursos de Postgrado. Los estudiantes de Máster, Doctorado y Doctorado Directo deben cursar al menos un curso que aborde la dimensión metodológica de la investigación, que es obligatorio, tal y como se indica en el reglamento del programa.
La duración del programa de Doctorado Directo es de un máximo de 60 meses. El programa de Doctorado Directo comprende:

1. cursar asignaturas por un total de 80 (ochenta) créditos;
2. entre los cursos, es obligatorio realizar un curso de metodología;
3. participar en reuniones de orientación, de acuerdo con el plan establecido por el supervisor
4. participar en actividades académico-científicas de su área de estudio y en seminarios propuestos por el Programa de Posgrado
5. desarrollar el tema de la tesis en la línea de investigación del supervisor
6. realizar el Examen General de Calificación en el plazo establecido en el reglamento. Este es un prerrequisito para la obtención del grado de doctor y puede ser realizado después de completar 40 (cuarenta) créditos en asignaturas para el Doctorado Directo (sin obtener el grado de maestría);
7. Elaborar la tesis y participar en la defensa pública de su trabajo;
8. publicar la tesis en el portal SABER USP. Al presentar su tesis, el estudiante deberá ponerla a disposición en su totalidad para su inclusión en el portal.