Os cursos de mestrado e de doutorado seguem o Regimento de Pós-Graduação da USP e as Normas Específicas dos Cursos de Pós-Graduação. Estudantes de Mestrado, Doutorado e Doutorado Direto deverão cursar ao menos uma disciplina que aborde a dimensão metodológica da pesquisa, em caráter obrigatório, como consta no regulamento do programa. A duração do curso de Doutorado Direto é de no máximo 60 meses. O curso de Doutorado Direto compreende:

1. cursar disciplinas, totalizando 80 (oitenta) créditos;
2. dentre as disciplinas é obrigatório cursar uma disciplina de metodologia;
3. participar de encontros de orientação, conforme plano estabelecido pelo orientador;
4. participar de atividades acadêmico-científicas em sua área de estudo e seminários propostos pela Pós-Graduação;
5. desenvolver o tema da tese na linha de pesquisa do orientador;
6. realizar Exame Geral de Qualificação, dentro do prazo limite estabelecido no regulamento . É pré-requisito para a obtenção do grau de doutor e pode ser feito depois de cumprida para Doutorado Direto (sem obtenção do título de mestre) 40 (quarenta) créditos em disciplina;
7. elaborar a tese e participar da defesa pública de seu trabalho;
8. disponibilizar a tese no portal SABER USP. Ao depositar sua tese o aluno deverá disponibilizá-la, na íntegra, para ser inserida no Portal.