Los programas de Máster y Doctorado siguen el Reglamento de Postgrado de la USP y las Normas Específicas para Cursos de Postgrado. Los estudiantes de Máster, Doctorado y Doctorado Directo deben realizar al menos un curso que aborde la dimensión metodológica de la investigación, que es obligatorio, tal y como se indica en el reglamento del programa.

El programa de doctorado tiene una duración máxima de 48 meses (con o sin beca). El programa de doctorado exige, como requisito previo para su realización
1. cursar asignaturas por un total de 32 (treinta y dos) créditos;
2. entre las asignaturas, es obligatorio cursar una asignatura de metodología y, para los becarios de la CAPES, también la asignatura de «Preparación Pedagógica» (que permite al postgraduado realizar prácticas con la asignatura de licenciatura);
3. participar en reuniones de orientación, de acuerdo con el plan establecido por el supervisor
4. participar en actividades académico-científicas de su área de estudio y en seminarios organizados por el Programa de Postgrado
5. Desarrollar el tema de la tesina en la línea de investigación del supervisor;
6. Realizar el Examen General de Habilitación, dentro del plazo establecido en el reglamento (24 meses). Se trata de un requisito previo para la obtención del título de doctor y puede realizarse una vez superados 16 (dieciséis) créditos para el Doctorado (previa obtención del título de máster) y 40 (cuarenta) créditos para el Doctorado Directo (sin obtención del título de máster);
7. Elaborar la tesis y participar en la defensa pública de su trabajo;
8. publicar la tesis en el portal SABER USP. Al presentar su tesis, el estudiante deberá ponerla a disposición en su totalidad para su inclusión en el portal;
9. Para o bolsista CAPES, é necessário fazer o PAE que é um estágio pedagógico, do aluno de Pós-Graduação, numa disciplina de graduação.