Os cursos de mestrado e de doutorado seguem o Regimento de Pós-Graduação da USP e as Normas Específicas dos Cursos de Pós-Graduação. Estudantes de Mestrado, Doutorado e Doutorado Direto deverão cursar ao menos uma disciplina que aborde a dimensão metodológica da pesquisa, em caráter obrigatório, como consta no regulamento do programa.

A duração do curso de Doutorado é de no máximo 48 meses (com/ sem bolsa). O curso de Doutorado exige, como pré-requisito para sua conclusão:
1. cursar disciplinas, totalizando 32 (trinta e dois) créditos;
2. dentre as disciplinas é obrigatório cursar uma disciplina de metodologia e, para os bolsistas CAPES, também a disciplina “Preparação Pedagóica” (que possibilita a realização de estágio do aluno de Pós-Graduação junto à disciplina de graduação;
3. participar de encontros de orientação, conforme plano estabelecido pelo orientador;
4. participar de atividades acadêmico-científicas em sua área de estudo e seminários propostos pela Pós-Graduação;
5. desenvolver o tema da dissertação na linha de pesquisa do orientador;
6. realizar Exame Geral de Qualificação, dentro do prazo limite estabelecido no regulamento (24 meses). É pré-requisito para a obtenção do grau de doutor e pode ser feito depois de cumpridos para Doutorado (após obtenção de título de mestre): 16 (dezesseis) créditos e no caso de Doutorado Direto (sem obtenção do título de mestre): deve cumprir, para este fim, 40 (quarenta) créditos em disciplina;
7. elaborar a tese e participar da defesa pública de seu trabalho;
8. disponibilizar a tese no portal SABER USP. Ao depositar sua tese o aluno deverá disponibilizá-la, na íntegra, para ser inserida no Portal;
9. Para o bolsista CAPES, é necessário fazer o PAE que é um estágio pedagógico, do aluno de Pós-Graduação, numa disciplina de graduação.