Os cursos de mestrado e de doutorado seguem o Regimento de Pós-Graduação da USP e as Normas Específicas dos Cursos de Pós-Graduação. Estudantes de Mestrado, Doutorado e Doutorado Direto deverão cursar ao menos uma disciplina que aborde a dimensão metodológica da pesquisa, em caráter obrigatório, como consta no regulamento do programa.

A duração do curso de Mestrado é de no máximo:
a) 30 meses (sem bolsa);
b) 24 meses (com bolsa).

O curso de Mestrado  exige, como pré-requisito para sua conclusão :
1. cursar disciplinas, totalizando 48 (quarenta e oito) créditos;
2. dentre as disciplinas é obrigatório cursar uma disciplina de metodologia e, para os bolsistas CAPES, também a disciplina “Preparação Pedagógica” (que possibilita a realização de estágio do aluno de Pós-Graduação junto à disciplina de graduação);
3. participar de encontros de orientação,  conforme plano estabelecido pelo orientador;
4. participar de atividades acadêmico-científicas em sua área de estudo e seminários propostos pela Pós-Graduação;
5. desenvolver o tema da dissertação na linha de pesquisa do orientador;
6.realizar Exame Geral de Qualificação, dentro do prazo limite estabelecido no regulamento(15 meses para os que não tembolsa e 12 meses pra os bolsitas).  É pré-requisito para a obtenção do grau de mestre e só poderá ser feito depois de cumpridos 24 (vinte e quatro) dos créditos em disciplina.
7. elaborar a dissertação e participar da defesa pública de seu trabalho;
8. disponibilizar a dissertação no portal SABER USP. Ao depositar sua dissertação o aluno deverá disponibilizá-la, na íntegra, para ser inserida no Portal.
9. O bolsista CAPES de mestrado pode fazer, caso queira o PAE que é um estágio pedagógico, do aluno de Pós-Graduação, numa disciplina de graduação.