O Programa tem uma comissão de bolsa composta por docentes permanentes e por um representante discente. No início de cada ano letivo, a comissão reúne-se para avaliar os projetos dos alunos que pleiteiam bolsas e também os projetos dos alunos que solicitam renovação das mesmas. Cada projeto é avaliado quanto ao seu mérito, ponderando-se a qualidade da definição do seu objetivo, da perspectiva metodológica adotada, da coerência do trabalho, elegância na escrita, referências bibliográficas, cronograma de trabalho e desempenho acadêmico do candidato. Alguns dos nossos alunos também têm recorrido à FAPESP para obtenção de bolsas e com sucesso.
Os principais quesitos, considerados no processo de avaliação do mérito do pedido de bolsa, são pontuados da seguinte maneira:
| a) o projeto de pesquisa, avaliado por seus objetivos, fundamentação, metodologia, viabilidade e relevância do tema para a área; | 5 pontos |
| b) qualidade na escrita, clareza na redação com argumentação pertinente ao tema, linguagem adequada, estrutura ordenada, coesão e coerência; | 5 pontos |
| c) o potencial do candidato como pesquisador, avaliado pelo histórico escolar e pelo currículo (quantos artigos, quanto trabalhos completos em anais, quantas participações em congressos, etc.). | 10 pontos |